特例有限会社の監査役が辞任するとき

特例有限会社も監査役を置くことができます。
もちろん、不要になれば廃止することができます。

しかし、株式会社と異なる点があるので注意が必要です。

結論

特例有限会社は「監査役設置会社である旨」は登記事項ではないので、
「監査役の変更」のみ登記申請します。

しかし、定款は株式会社と同様、「監査役を置く旨の規定」がされているので
その廃止をする定款変更の決議が必要です。

株式会社の登記事項だが、
特例有限会社の登記事項ではないもの。

それは、「監査役設置会社である旨」です。

株式会社で監査役を置くと、その旨が登記されます。
こんな感じ

しかし、有限会社ではこの監査役を置く旨は登記事項ではありません。

登記事項が違うので、変更する登記の内容も違います。

定款変更は株式会社も特例有限会社も特別決議が必要です。
しかし、株式会社と特例有限会社で特別決議の要件が違います。

株主総会において議決権を行使することができる株主の議決権の過半数
（定款で３分の１以上の割合まで軽減可）
を有する株主が出席し、
出席した当該株主の議決権の３分の１（定款加重可）
以上に当たる多数をもって行います。

総株主の半数以上でかつ、総株主の議決権の４分の３以上の多数をもって行います。